A dor é a manifestação mais presente nas distintas patologias que afetam o ser humano, sendo considerada pela North American Nursing Diagnosis Association (NANDA) um diagnóstico de enfermagem. Os neonatos, por apresentarem maturação tardia das fibras inibitórias da dor, tornam-se mais vulneráveis aos estímulos dolorosos; logo, qualificar e quantificar a dor com o uso de instrumentos de avaliação adequados é essencial para o bem-estar dos neonatos. Objetivou-se comparar a aplicabilidade de dois instrumentos de avaliação da dor em neonatos em uma Unidade de Terapia Intensiva Neonatal (UTIN). Estudo descritivo, comparativo, de abordagem qualitativa sobre a aplicabilidade de duas escalas de avaliação da dor em neonatologia: Neonatal Facial Coding System (NFCS) e Neonatal Infant Pain Scale (NIPS).  A coleta de dados foi realizada na UTIN de um hospital universitário localizado no sul do Brasil, durante o mês de agosto de 2017. Identificou-se que profissionais ainda não utilizam os métodos de avaliação de dor validados cientificamente, embora possuam consciência da importância de tal ação. Ressalta-se que a maioria dos respondentes atua de forma empírica, baseando o manejo da dor em percepções e experiências próprias. Concluiu-se, no tangente à comparação das escalas de dor NFCS e NIPS, a preferência pela escala NIPS, justificada por aspectos ligados à facilidade de compreensão, aplicabilidade e eficácia da escala, apesar de haver controvérsias acerca deste último aspecto na literatura encontrada.